طبق گزارش سازمان حسابرسی، ۹۲۵ هکتار از اراضی ۲۴۰۰ هکتاری بندر رجایی در تصرف دیگران است و پیگیری‌های حقوقی تا کنون به نتیجه نرسیده است.
به گزارش پایگاه خبری بورس پرس به نقل از تسنیم، طبق گزارش سازمان حسابرسی از سازمان بنادر و دریانوردی، بررسی وضعیت مالکیت دارایی‌های ثابت مشهود نشان از عدم وجود اسناد مالکیت 2 قطعه زمین به مساحت 36.5 هکتار، 2 دستگاه ساختمان به مساحت عرصه 647 و 752 مترمربع در استان‌های خوزستان، بوشهر و گیلان و 821.3 هکتار اراضی استحصال شده در بنادر بوشهر، چابهار، خارگ و رجایی است.
بر اساس این گزارش، همچنین 925 هکتار از اراضی 2400 هکتاری بندر رجایی و 254 هکتار از اراضی بندر باهنر در تصرف دیگران است. بخشی از اراضی استحصال شده و اسکله صیادی قدیمی بندر انزلی توسط اداره کل منابع طبیعی اقامه دعوی شده که پیگیری‌های حقوقی تا کنون به نتیجه نرسیده است.
توجیهات کافی در خصوص تعداد 24 فقره پروژه‌های در جریان تکمیل راکد جمعاً به مبلغ 63.9 میلیارد تومان به سازمان حسابرسی ارائه نشده است. مضافاً 73 فقره پروژه‌هایی که به شکل ساخت، بهره‌برداری و انتقال (BOT) امضا شده، تعهدات اشخاص طرف قرارداد از لحاظ آماده‌سازی زمین، نصب تجهیزات، سوله و غیره و پرداخت اجاره بها انجام نشده از جمله شرکت‌های برادران مجدپور، شکر نوین خلیج‌فارس و پاسارگاد نور آسا در بندر امام، شرکت‌های بنا گستر کرانه، بیناس انرژی و آفاق جهان‌گستر بندر در بندر رجایی، شرکت‌های پتروسازان لیپار، چابهار پالایش صنعت و شرکت مرجان شمال و جنوب در بندر چابهار و در بنادر بوشهر، نوشهر، انزلی و امیرآباد.
درآمدهای عملیاتی سازمان بنادر و دریانوردی در سال 1401 بالغ بر 13.4 هزار میلیارد تومان اعلام شده که 3.4 هزار میلیارد تومان معادل 25 درصد بیشتر از درآمدهای سال 1400 است.
در سال مالی مورد گزارش 294.5 میلیارد تومان سود حساب‌های بانکی مربوط به پیش‌پرداخت پروژه طرح توسعه بندر بهشتی چابهار پرداختی به شرکت آریا بنادر ایرانیان (پیمانکار پروژه) به رغم آنکه طبق قرارداد متعلق به سازمان بنادر و دریانوردی است بجای شناسایی به‌عنوان درآمد در سرفصل اندوخته سرمایه‌ای منظور شده است. رویه‌های موردعمل از صحت لازم برخوردار نبوده و برخلاف استانداردهای حسابداری است.
ابهام نسبت به مالیات‌های تکلیفی
بابت مالیات تکلیفی سال‌های 89 و 90 مالیات حقوق و مالیات و عوارض بر ارزش‌افزوده سال 1400 جمعاً 444.6 میلیارد تومان شامل 342.1 میلیارد تومان اصل و 102.5 میلیارد تومان جرایم مطالبه شده که مورد اعتراض سازمان بنادر قرار گرفته و در جریان پیگیری است.
ابهام نسبت به پیامدهای آتی دعاوی حقوقی
در نتیجه دعاوی مطروحه محاکم قضایی، سازمان بنادر و دریانوردی محکوم به پرداخت 347.3 میلیارد تومان شده که نسبت به 46.3 میلیارد تومان از ادعای فوق از طریق اعاده دادرسی در حال پیگیری است. اقدامات به‌عمل آمده نسبت به 301 میلیارد تومان نیز در مرحله تجدیدنظر خواهی است.